L’année 1989 marque un tournant important avec la mise en place d’un équipement spécifique : l’installation de portillons individuels sur l’atelier laitier. Peu de sites expérimentaux sont dotés d’un tel équipement qui permet de mesurer quotidiennement les ingestions des animaux. La station se spécialise ainsi dans les travaux de recherche sur l’alimentation des vaches laitières.
C’est à cette période que sont développés les essais sur les rations complètes. 
Cette technique mise au point aux Trinottières est aujourd’hui très largement pratiquée dans les élevages français.

En 1994, l’élevage porcin connaît un développement avec la création d’un atelier plein-air et l’augmentation des effectifs.
Le site des Trinottières devient la ferme de référence régionale porcine.

En 1997, la construction d’un bâtiment d’engraissement sur paille permet de loger les porcs nés en plein air. Le bâtiment compte 525 places. L’objectif est de mieux appréhender la conduite des porcs sur paille : gestion des litières de l’alimentation, de l’ambiance.

En 1999, la réorganisation des formations proposées conduit à regrouper les deux troupeaux (formation et expérimentation). Les équipements étaient devenus obsolètes pour mener à bien les essais. Les responsables professionnels de la Chambre d’Agriculture ont souhaité engager un renouvellement des installations pour moderniser et renforcer le dispositif expérimental sur vaches laitières. Une stabulation à logettes avec salle de traite est construite à neuf. Le bâtiment en écaille a une largeur de 50 m et un bardage bois claire-voie assure une excellente ventilation. Le terrain a été encaissé sur un mètre pour soustraire le bâtiment au risque d’inondation.

L’installation de 130 places de logettes est équipée de 4 racleurs. L’équipement de traite de 2 fois 8 postes est positionné en épi avec un dispositif de sortie rapide. Une barrière poussante permet de manipuler plus facilement les différents lots liés à l’expérimentation.

En 2002, une nurserie « Type Trinottières » de 30 places est construite pour loger les génisses individuellement de la naissance au sevrage.

En 2003 et 2004, plusieurs bâtiments ont été rénovés : les maternités, une infirmerie, les post-sevrages.
Par ailleurs, une maternité expérimentale a été construite pour tester des logements de truies allaitantes alternatifs aux systèmes actuels avec contention.

En 2006, un dispositif expérimental est testé afin de traiter les effluents peu chargés. Ce système aujourd’hui validé est constitué d’un filtre à paille, de filtres à roseaux avec recyclage et de bandes végétalisées (eucalyptus, roseaux).

Depuis l’été 2009, une nouvelle unité de fabrique d’aliments a été mise en fonctionnement.
Elle permet de formuler et de fabriquer tous les aliments distribués aux truies, porcelets et porcs charcutiers.
L’objectif est à la fois de servir de supports de formations pour les éleveurs et les techniciens et d’acquérir de nouvelles références sur la formulation, les matières premières utilisables…

Le troupeau laitier est constitué de 110-120 vaches laitières et d’une centaine de génisses de renouvellement. Une soixantaine de vaches est en permanence en expérimentation. Les autres en réserve sont support de formation ou de démonstration.
Les performances laitières oscillent entre 8 500 et 9 500 kg en fonction des thèmes expérimentaux mis en œuvre.
Le lait est commercialisé avec la Fromagerie Tessier du groupe BONGRAIN.

Pour conserver des vêlages groupés, les génisses sont élevées selon deux conduites différentes :
- 2/3 vêlent vers 24-26 mois avec cependant des croissances modérées en hiver (600 g/j) pour bénéficier d’une croissance compensatrice au printemps au pâturage,
- les autres génisses vêlent à 30 mois et sont conduites de manière plus extensive pour limiter les coûts de production.

Le troupeau porcin est conduit en 4 bandes avec un sevrage à
28 jours. Deux modes d‘élevage sont pratiqués sur la ferme :
- 100 truies naisseur engraisseur sont élevées en bâtiment sur sol ajouré,
- 70 truies avec naissage en plein air et engraissement sur paille.
La ferme produit 3 200 porcs par an qu’elle commercialise avec le groupement TERRENA PIGALYS (44).

43 % des surfaces sont en prairies naturelles ou temporaires. Une partie est engagée dans des mesures agro-environnementales (OGAF basses vallées angevines) dont un des objectifs est la protection du râle des genêts. La station est en zone inondable (60 %) et lors des crues les plus importantes (1995), les bâtiments d’élevage ont été inondés. En année normale, il n’est pas rare que des crues viennent perturber le pâturage de printemps ou les semis de maïs.

Les rendements moyens en maïs sont voisins de 15 - 16 T MS par ha pour l’ensilage et 100 qx par ha pour le grain.
Depuis plusieurs années, nos pratiques ont permis de réduire nos consommations en eau. Nous avons modifié l’assolement en réduisant la surface en maïs et en introduisant du sorgho moins exigeant en eau et des céréales immatures qui se développent avant la sécheresse estivale.

L’utilisation de tensiomètre nous permet également d’ajuster au mieux les quantités d’eau aux besoins des plantes. Ainsi la réduction des apports d’eau par passage d’irrigation et la modification de l’assolement nous a permis de réduire nos consommations de l’ordre de 40 %.